軍事アナリスト・山口玲子を乗せた海上自衛隊は演習中、謎のロボットと遭遇して交戦。彼らの撤退後秋の島新島に一人の少年マーズを発見。玲子が彼を保護することになった。しかし、彼の目覚めとともに五人の刺客が彼を襲う。マーズは神体ガイアーを呼び出して彼らに立ち向かう。しかし彼らはマーズを襲い、人類の行動を目にさせて彼に人類の今後を選択させる使命があったのだ……。