アストラギウス銀河を二分した銀河戦争も末期に差し掛かった。だが、新兵キリコ・キュービィが所属する部隊が突如味方の基地を襲撃する反乱同然の行為を起こした。理由も説明されないまま留守を守っていたキリコは素体と呼ばれるカプセルに眠る謎の女性の姿を目にしてしまい、秘密を知ってしまったキリコは味方に殺されそうになり、情報部の激しい拷問を受けることになる。キリコが脱出した時戦争は既に終結した。だがかりそめの平和が到来してもキリコが追われる身である事に変わりはなかった……。