1975年、鋼鉄ジーグと邪魔大王国との戦いは九州での戦いで終止符を打った。だがその代償に九州全域は生した謎のゾーンに覆われてしまい、日本列島から孤立した地域と化した。
　そして2025年、その九州に近い下関にハニワ幻神が出現。邪魔大王国が封印から目覚め、銅鐸を手にするために二本の侵攻を解したのだ。
　新たなる鋼鉄ジーグとなる宿命を付けられた者は、高校生にして一流レーサーの草薙剣児。彼は幼馴染の巫女・珠城つばき、ライバルでもあり親友のレーサー・美角鏡を始めとした仲間たちと新ビルドベースの下で、邪魔大王国へ戦いを挑む。