西暦2087年。月に誕生した軍事国家ギガノス帝国が地球連邦の反旗を翻した。戦闘兵器メタルアーマーによるギガノス軍の猛攻を前に苦戦を強いられる連邦はD兵器と呼称された最新鋭の3機のメタルアーマー・ドラグナーによる反撃作戦を試みるが、3機の開発がすすめられていたスペースコロニー・アルカードがギガノス軍の襲来を受けてしまい、D兵器はケーン、タップ、ライトという戦いに巻き込まれた3人の学生トリオがパイロットとして任命されてしまう。自分達がパイロットの役目から解除されるまで3人はドラグナーと共に戦いの日々を過ごす事に……。