人類が宇宙へ進出しようとしている2001年。地球の権力闘争や紛争を陰から操り世界の政権を手にしようとする秘密組織ドクーガの姿が暗躍していた。彼はエネルギー研究の権威である真田博士の研究を手にしようとするが、悪用される事を恐れた真田博士は自爆して自分諸共機密を葬り去った。
　真田博士の親友だった謎の男サバラスは北条真吾、キリー・ギャグレー、レミー島田らグッドサンダーチームと共に遺児のケン太と真田博士が残した成長するエネルギー・ビムラーをドクーガの手から守る為に移動基地グッドサンダーでの長い逃避行を始めた……。