西暦2195年。人類が移住した火星は木連の無人兵器により支配下に置かれてしまった。地球連合軍が木連から地球を守る事に専念し、火星の奪還を考えない事から民間企業ネルガル工業はスキャパレリプロジェクトの一環に機動戦艦ナデシコを建造。一癖も二癖もあるが一流のクルーを招集して火星奪還へ飛び立つ計画に、コック志願の若者テンカワ・アキトは艦長が幼馴染のミスマル・ユリカであると知って彼女を追った所なし崩しにクルーとして、そして機動兵器エステバリスのパイロットに選ばれてしまう。