西暦2009年、原因不明の病を患った・海堂祐司は未来の医療技術に命を託すため、スリーパーとして冷凍睡眠処理を受けたが、彼が目覚めた西暦2031年の世界は謎の生命体BLUEによって人類が滅亡に瀕していた。地球を捨てて再起の時まで人工衛星セカンド・アースへ移住した人類は、反撃開始の為にスリーパーの回収を開始していた。回収部隊グランザイルの女性兵士マリーン・エンジェルに導かれるまま、祐司はBLUEとの戦いに身を投じていく。