ハイパーハリケーンと呼ばれた大災害により世界各国は甚大な被害を受け、半数以上の人口が消滅した。日本はパワードアシスト技術により復興に成功するが、その復興は指定された経済特区のみであり、何時しか日本内に支配階級「ロゴス」と被支配階級「レヴィウス」が生まれた。だがロゴスへの反乱分子鎮圧を目的とする特殊部隊ファントムから脱走した男がいた。葛城丈、鶴沢仁。ヴィーナスと呼ばれた少女・登戸沙耶を匿っての逃避行が始まる。