宇宙からの侵略者・ガイゾックが地球を狙う。ガイゾックに故郷を滅ぼされたビアル星人の末裔・神勝平、神江宇宙太、神北恵子。そして彼ら3人の家族・神ファミリーはビアル星人が残したキング・ビアルとザンボット3でガイゾックが送り出すメカブーストに立ち向かう。
　だが地球を守る彼らの戦いは人々に非難されるだけ。彼らに冷たい人々の迫害を、友人との別離に耐えて戦い続ける神ファミリー。
　そして、人々の理解を得始めようとした彼らにはさらに過酷な事態と、衝撃の真実が待ち受けていた……