ヘドロン皇帝の命により、オズメル大将軍が率いるコンギスター軍団が地球を襲撃。またたく間に地球の95パーセントがコンギスターの占領下に置かれ、日本は最後の砦になってしまった。
　ミスターXこと敷島博士はこの事態を打破する切り札としてメカンダーロボを開発。　核兵器に対して発射されるオメガミサイルの脅威をかわしつつ、防衛隊と協力しながらコンギスターへの反撃を開始していく。
　だが、メカンダーロボのパイロットであり、コンギスター軍団に故郷を滅ぼされた王子・ジミー・オリオンとコンギスターの女将軍・メデューサの間には悲しい運命が待ち受けていた……